暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。 而彼时，岚紫从跟踪她的日本特务处得知了自己为日本人的身世，借着日本特务给她的药，以治病为名对四目郎（海俊杰饰）进行毒害，四目郎已成傀儡。